python - 如何使用“h5py”调整 HDF5 数组的大小

Question

如何使用h5pyPython 库调整 HDF5 数组的大小？

我已经尝试使用该.resize方法并在一个数组上chunks设置为True. 唉，我仍然缺少一些东西。

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))
/home/mrocklin/Software/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.pyc in resize(self, size, axis)
--> 277         self.id.set_extent(size)
ValueError: unable to set extend dataset (Dataset: Unable to initialize object)

In [11]: h5py.__version__ 
Out[11]: '2.2.1'

Answer 1

正如 Oren 所提到的，如果以后要更改数组大小，则需要maxshape在创建时使用。dataset将尺寸设置为None允许您稍后将该尺寸调整为 2**64（h5 的限制）：

In [1]: import h5py

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w')

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(None, 3), dtype='i8', chunks=True)

In [4]: d.resize((6, 3))

In [5]: h5py.__version__
Out[5]: '2.2.1'

有关更多信息，请参阅文档。

Answer 2

您需要更改此行：

d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True)

至

d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(?, ?), dtype='i8', chunks=True) 

d.resize((?, ?))

改变? 任意大小（您也可以将其设置为None）

在这里阅读：http: //docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html#resizable-datasets