r - 在 Web 浏览器中运行多个 RStudio 实例

Question

我在远程 aws 服务器（ubuntu）上安装了 RStudio 服务器，并希望同时运行多个项目（其中一个项目需要大量时间才能完成）。在 Windows 上，有一个简单的 GUI 解决方案，例如“在新窗口中打开项目”。rstudio 服务器有类似的东西吗？

简单的问题，但除了 Macs 的这个相关问题之外找不到解决方案，它提供

使用项目运行多个 rstudio 会话

但如何？

Answer 1

虽然运行批处理脚本当然是一个不错的选择，但它并不是唯一的解决方案。有时您可能仍希望在不同的会话中进行交互使用，而不是必须将所有事情都作为批处理脚本来完成。

没有什么能阻止您在不同端口上的 Ubuntu 服务器上运行多个 RStudio 服务器实例。（我发现通过 docker 启动 RStudio 很容易做到这一点，如此处所述。因为即使您关闭浏览器窗口，实例也会继续运行，因此您可以轻松启动多个实例并在它们之间切换。您只需登录再次切换时。

不幸的是，RStudio-server 仍然会阻止您同时在浏览器中打开多个实例（请参阅帮助论坛）。这不是一个大问题，因为您只需要再次登录，但您可以通过使用不同的浏览器来解决它。

编辑：多个实例都可以，只要它们不在同一个浏览器、同一个浏览器用户和同一个 IP 地址上。例如，在 127.0.0.1 上的会话和在 0.0.0.0 上的另一个会话就可以了。更重要的是，即使实例没有“打开”，它们也会继续运行，所以这真的不是问题。唯一需要注意的是，您必须重新登录才能访问该实例。

至于项目，您会看到您可以使用右上角的“项目”按钮在项目之间切换，但是虽然这会保留您的其他会话，但我认为它实际上并不支持同时执行代码。您需要运行多个 R 环境实例才能真正做到这一点。

更新 2020好的，现在是 2020 年，有很多方法可以做到这一点。

要在新的 R 环境中运行脚本或函数，请查看：

• 调用程序包

• RStudio作业面板

• 从RStudio 终端面板中的一个或多个终端会话运行新的 R 会话或脚本

• 注销并以不同用户身份登录到 RStudio-server（需要在容器中设置多个用户，对于单个用户来说显然不是一个好的工作流程，但只是注意到许多不同的用户可以访问同一个 RStudio 服务器实例没有问题。

当然，在不同的端口上启动多个 docker 会话仍然是一个不错的选择。请注意，上面列出的许多方法仍然不允许您重新启动主 R 会话，这会阻止您重新加载已安装的包、在项目之间切换等，这显然不理想。我认为，如果在 RStudio（服务器）会话中的项目之间切换将允许先前活动项目中的作业继续在后台运行，但不知道开源版本是否存在这种情况，那将是非常棒的。

Answer 2

通常您不需要多个 Rstudio 实例 - 在这种情况下，只需将您的代码保存在 .R 文件中并使用 ubuntu 命令提示符启动它（可能使用屏幕）

Rscript script.R

这将启动一个单独的 R 会话，该会话将在不冻结您的 Rstudio 的情况下完成工作。您也可以传递参数，例如

# script.R - 
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

if (length(args) == 0) {
  start = '2015-08-01'
} else {
  start = args[1]  
}

安慰 -

 Rscript script.R 2015-11-01

Answer 3

我认为您需要 R Studio Server Pro 才能使用多个用户/会话登录。

您可以查看下面的比较表以供参考。

https://www.rstudio.com/products/rstudio-server-pro/

Answer 4

安装另一个 rstudio 服务器实例并不理想。

Linux 服务器管理员，不要害怕。您只需要 root 访问权限或善良的管理员。

创建要使用的组：groupadd Rwarrior

创建一个与您的主 Rstudio 登录具有相同主目录的附加用户：

useradd -d /home/user1 user2

将主用户和新用户添加到 Rwarrior 组：

gpasswd -a user2 Rwarrior

gpasswd -a user1 Rwarrior

注意您的主主目录​​的权限：

光盘 /home

chown -R user1:Rwarrior /home/user1

chmod -R 770 /home/user1

chmod g+s /home/user1

为新用户设置密码：passwd user2

在隐身/隐私浏览模式下打开一个新的浏览器窗口，并使用您创建的新用户登录 Rstudio。享受。

Answer 5

我通过在Singularity实例中隔离它们来运行多个 RStudio 服务器。使用命令下载 Singularity 镜像singularity pull shub://nickjer/singularity-rstudio

我使用两个脚本：

run-rserver.sh：

• 寻找自由港

#!/bin/env bash
set -ue

thisdir="$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")"

# Return 0 if the port $1 is free, else return 1
is_port_free(){
  port="$1"
  set +e
  netstat -an | 
    grep --color=none "^tcp.*LISTEN\s*$" | \
    awk '{gsub("^.*:","",$4);print $4}' | \
    grep -q "^$port\$"
  r="$?"
  set -e
  if [ "$r" = 0 ]; then return 1; else return 0; fi
}

# Find a free port
find_free_port(){
    local lower_port="$1"
    local upper_port="$2"
    for ((port=lower_port; port <= upper_port; port++)); do
      if is_port_free "$port"; then r=free; else r=used; fi
      if [ "$r" = "used" -a "$port" = "$upper_port" ]; then
        echo "Ports $lower_port to $upper_port are all in use" >&2
        exit 1
      fi
      if [ "$r" = "free" ]; then break; fi
    done
    echo $port
}

port=$(find_free_port 8080 8200)

echo "Access RStudio Server on http://localhost:$port" >&2


"$thisdir/cexec" \
    rserver \
    --www-address 127.0.0.1 \
    --www-port $port

cexec：

• 为每个实例创建一个专用的配置目录
• 为每个实例创建一个专用临时目录
• 使用该singularity instance机制来避免分叉的 R 会话被 PID 1 采用并在 rserver 关闭后保留。相反，它们成为 Singularity 实例的子节点，并在该实例关闭时被杀死。
• 将当前目录映射到/data容器内的目录并将其设置为主文件夹（如果您不关心每台机器上的可重现路径，则此步骤可能不是必需的）

#!/usr/bin/env bash
# Execute a command in the container
set -ue

if [ "${1-}" = "--help" ]; then 
echo <<EOF
Usage: cexec command [args...]

Execute `command` in the container. This script starts the Singularity
container and executes the given command therein. The project root is mapped 
to the folder `/data` inside the container. Moreover, a temporary directory
is provided at `/tmp` that is removed after the end of the script.

EOF
exit 0
fi

thisdir="$(dirname "${BASH_SOURCE[0]}")"
container="rserver_200403.sif"

# Create a temporary directory
tmpdir="$(mktemp -d -t cexec-XXXXXXXX)"
# We delete this directory afterwards, so its important that $tmpdir
# really has the path to an empty, temporary dir, and nothing else!
# (for example empty string or home dir)
if [[ ! "$tmpdir" || ! -d "$tmpdir" ]]; then
  echo "Error: Could not create temp dir $tmpdir"
  exit 1
fi
# check if temp dir is empty (this might be superfluous, see
# https://codereview.stackexchange.com/questions/238439)
tmpcontent="$(ls -A "$tmpdir")"
if [ ! -z "$tmpcontent" ]; then
  echo "Error: Temp dir '$tmpdir' is not empty"
  exit 1
fi

# Start Singularity instance
instancename="$(basename "$tmpdir")"

# Maybe also superfluous (like above)
rundir="$(readlink -f "$thisdir/.run/$instancename")"
if [ -e "$rundir" ]; then
  echo "Error: Runtime directory '$rundir' exists already!" >&2
  exit 1
fi
mkdir -p "$rundir"

singularity instance start \
  --contain \
  -W "$tmpdir" \
  -H "$thisdir:/data" \
  -B "$rundir:/data/.rstudio" \
  -B "$thisdir/.rstudio/monitored/user-settings:/data/.rstudio/monitored/user-settings" \
  "$container" \
  "$instancename"

# Delete the temporary directory after the end of the script
trap "singularity instance stop '$instancename'; rm -rf '$tmpdir'; rm -rf '$rundir'" EXIT
singularity exec \
  --pwd "/data" \
  "instance://$instancename" \
  "$@"