我试过谷歌但没有运气。我已经看到一些对使用 python 完成的健壮多数组平均但没有代码的弱引用。我对重新发明轮子没那么感兴趣。关于 python 模块、脚本的任何建议....
如果我能找到一个很好的解释或算法示例，我会编写一个 python 实现来分享。
如果你不确定我在说什么，你可以看看这个，尽管这不是定义。 http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/gcrma.html
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尽管这个问题是在六年前提出的，但当我最近问自己同样的问题时，我仍然找不到一个好的 RMA 的 Python 实现。因此，我对该方法进行了大量研究，并自己写了一篇：
我还写了一篇关于它的文章，其中涉及一些技术细节：
pyAffy：RMA 方法的高效 Python/Cython 实现，用于处理来自 Affymetrix 表达微阵列的原始数据
于 2016-02-28T23:42:43.723 回答
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您可能需要考虑为 R 使用 python 接口，它有 gcrma 包。RPy是一个模块，它允许您使用系统上安装的所有 R 模块。Bioconductor有一个用于 R 的gcrma 模块。我找不到任何用于 Python 的模块。
于 2010-02-19T02:31:56.533 回答
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我是一名从事基因组学工作的生物学家，参与了 5-6 个微阵列项目。我对 Python 也很流利，并且可以在 R 中做得很好。
Python 是一门很棒的语言，但到目前为止，我知道没有任何模块可以轻松满足您的要求。另一方面，R 提供了大量用于微阵列分析的软件包。
考虑到微阵列数据分析是如何由标准微阵列芯片/技术的医学用途驱动的，生物学研究不得不使用定制开发的（主要是 R）软件包进行分析。不幸的是，我认为这种情况已经为使用更成熟的编程语言进行微阵列数据分析留下了一个不那么有趣的利基市场，这并没有受到研究生人群的欢迎。
希望您确实找到了 python 替代品，在这种情况下，请告诉我们！
干杯
于 2010-02-19T04:19:05.560 回答