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我想使用 cbind 几个文件：

do.call("cbind",lapply(sample_list, FUN=function(files){read.table(files, header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)}))

但是，我的 sample_list 文件（例如 1c.QC.dat）位于不同的目录中。但目录遵循相同的模式：

/home/Project1/Files/Sample_*/*.QC.dat

其中 * 是样本 ID。

有没有办法轻松列出这些文件？

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让我们首先选择我们的Sample_*目录。

main_dir <- '/home/Project1/Files/'
directories <- list.files(main_dir, pattern = '^Sample_')
directories <- Filter(function(x) file.info(file.path(main_dir, x))$isdir, directories)

我们现在有一个以 开头的目录的字符向量Sample_。现在我们可以读入我们的data.frames：

dfs <- lapply(directories, function(subdir) {
  files <- list.files(path <- file.path(main_dir, subdir), pattern = '\\.QC\\.dat$')
  subdfs <- lapply(files, function(filename)
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)
  )
  do.call(rbind, subdfs)
})

最后，我们将它们绑定到一个巨大的数据框中：

dfs <- do.call(rbind, dfs) # Notice we used the same trick twice

一个更短但更聪明的选择是使用recursive = TRUE参数 on list.files：

dfs <- do.call(rbind, lapply(
  list.files(path <- '/home/Project1/Files/',
             pattern = '^Sample_.*\\.QC\\.dat$', recursive = TRUE),
  function(filename)
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)
))
于 2014-04-05T23:59:50.797 回答