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我是使用 R 进行多变量分析的新手。我正在尝试绘制一个 RDA 图来描述我的物种丰度与环境数据之间的关系。我有 6 个环境变量。但是当我获得绘图时，我只能看到两个向量单独代表两个变量。我使用的命令如下。

data <- read.csv("all_data.csv",h=T); 
library(vegan)
sp1 <- data[,c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes")];
env1 <- data[,c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay")];
myrda <- rda(sp1,env1)
plot(myrda,scaling=2)

有人请帮我解决这个问题。我希望在我的 RDA 图中看到所有 6 个环境参数。

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这是一个使用 vegan 的示例数据varespec和varechem. rda 模型的绘图会自动显示所有 14 个环境变量：

library(vegan)
data(varespec)
data(varechem)
myrda <- rda(varespec, varechem)
myrda
colnames(varechem) # 14 variables
plot(myrda,scaling=2) # 14 vectors shown

在此处输入图像描述

也许仔细检查您的 data.frames 是否正确包含变量名称，以便绘图知道在哪里获取标签。我还将确保您的数据拆分工作正常 - 我认为您的方法不会总是有效。这是一个可能的替代方案，应该：

sp.incl <- match(c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes"), colnames(data))
sp1 <- data[,sp.incl]

env.incl <- match(c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay"), colnames(data))
env1 <- data[,env.incl]
于 2014-04-02T07:06:35.013 回答