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我下面的脚本是从标准 FASTA 文件中计算序列“CCCCAAAA”和“GGGGTTTT”的出现次数：

>contig00001  
CCCCAAAACCCCAAAACCCCAAAACCCCTAcGAaTCCCcTCATAATTGAAAGACTTAAACTTTAAAACCCTAGAAT

脚本在这里统计CCCCAAAA序列3次

CCCCAAAACCCCAAAACCCCAAAA（CCCC不计入）

有人可以告诉我如何将 CCCC 序列包含在最后作为半数，以为此返回 3.5 的值。

到目前为止，我的尝试一直没有成功。

我的脚本如下...

from Bio import SeqIO

input_file = open('telomer.test.fasta', 'r')
output_file = open('telomer.test1.out.tsv','w')
output_file.write('Contig\tCCCCAAAA\tGGGGTTTT\n')

for cur_record in SeqIO.parse(input_file, "fasta") :


    contig = cur_record.name
    CCCCAAAA_count = cur_record.seq.count('CCCCAAAA')
    CCCC_count = cur_record.seq.count('CCCC')

    GGGGTTTT_count = cur_record.seq.count('GGGGTTTT')
    GGGG_count = cur_record.seq.count('GGGG')
    #length = len(cur_record.seq)

    splittedContig1=contig.split(CCCCAAAA_count)

    splittedContig2=contig.split(GGGGTTTT_count)

    cnt1=len(splittedContig1)-1
    cnt2=len(splittedContig2)

  cnt1+sum([0.5 for e in splittedContig1 if e.startswith(CCCC_count)])) = CCCCAAAA_count
  cnt2+sum([0.5 for e in splittedContig2 if e.startswith(GGGG_count)])) = GGGGTTTT_count

    output_line = '%s\t%i\t%i\n' % \
    (CONTIG, CCCCAAAA_count, GGGGTTTT_count)


    output_file.write(output_line)

output_file.close()

input_file.close()
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您可以使用 split 和 startwith 列表理解，如下所示：

contig="CCCCAAAACCCCAAAACCCCAAAACCCCTAcGAaTCCCcTCATAATTGAAAGACTTAAACTTTAAAACCCTAGAAT"
splitbase="CCCCAAAA"
halfBase="CCCC"
splittedContig=contig.split(splitbase)
cnt=len(splittedContig)-1
print cnt+sum([0.5 for e in splittedContig if e.startswith(halfBase)])

输出：

3.5
  1. 根据 拆分字符串CCCCAAAA。它会给出列表，列表中的元素CCCCAAAA将被删除
  2. 拆分的长度 - 1 给出了出现的次数CCCCAAAA
  3. 在拆分的元素中，查找以 . 开头的元素CCCC。如果发现添加 0.5 以计数每次出现。
于 2014-04-01T16:01:07.670 回答