python - Python 包：Bioservices，使用 UniChem() 命令时出错

Question

我正在关注网页上的教程：http: //pythonhosted.org/bioservices/compound_tutorial.html

在我到达以下命令之前，一切都运行良好：

uni = UniChem()

然后我收到错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "P:\Anaconda\lib\site-packages\bioservices\unichem.py", line 84, in __init__
    maxid_service = int(self.get_all_src_ids()[-1]['src_id'])
TypeError: list indices must be integers, not str

作为最低限度的工作示例：

from bioservices import *
uni = UniChem()

然后我收到错误。我理解错误（大部分），但我不知道如何修复它。所以我的问题是如何修复该功能或解决它？

总体目标是将 1000 个药物名称列表（希望在不久的将来更多）映射到 Chembl ID。

Answer 1

您看到的错误可能与您尝试连接 UniChem 服务时，它因维护而关闭或初始化时间过长有关。结果是该服务未启动，因此您收到了错误消息。

我刚刚尝试过（生物服务 1.2.6）

from bioservices import *
uni = UniChem()

它奏效了。以下请求也有效：

>>> mapping = uni.get_mapping("kegg_ligand", "chembl")
'CHEMBL278315'