cluster-analysis - Keeping instances IDs during mcl clustering

Question

I am trying to cluster points using mcl. The points take indices ind (e.g ind= [4,54,3,etc]). I converted my graph to .abc format and applied mcl to this file (following the instructions provided by micans). The output gives me clusters using the canonical domain (that is, for the example above, 3 would be represented by 0, 4 by 1, 54 by 3). Is there a way to get the output using the indices I gave in input?

Answer 1

这是基本工作流程，使用 abc 格式的示例文件名“f.abc”：

mcxload -abc f.abc --stream-mirror -o f.mci -write-tab f.tab
mcl f.mci
mcxdump -icl out.f.mci.I20 -tabr f.tab -o dump.f.mci.I20

文件 dump.f.mci.I20 现在应该包含在“abc”文件中使用的标签。但是，如果你只是这样做

mcl f.abc --abc

那么您应该得到完全相同的结果，尽管现在在（默认输出）文件 out.f.abc.I20 中。默认情况下，mcl 假定一个“mcl 图形文件”（在文档中，这通常称为矩阵格式或称为矩阵文件，因为图形和稀疏矩阵在 mcl 软件中是相同的）。您可以给mcl一个abc格式的文件，但它不会自行判断格式不同，因此使用该--abc选项。