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我正在尝试从 networkX 读取 GML（图形建模语言）文件，但它返回 ParseError。

我只写了几行代码：

import networkx as nx
G = nx.read_gml('test.gml')
print G.node

这是 GML 文件：

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    shape 
    name "square"
    center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    shape 
    name "triangle"
    center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

这是我得到的错误：

ParseException: Expected "]" (at char 23), (line:3, col:3)

但是，我没有看到任何]缺失

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1 回答 1

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即时问题

解析器对您的输入感到困惑。我以前从未使用过 gml，但我一次将您的 gml 文件构建为一个文件，并发现了两个问题。

  1. shape没有价值的钥匙
  2. 具有元组值的键 (132, 258)

假设这个引用是正确的，有 4 种可能的值类型：

一个值可能有四种可能类型中的一种，整数（类型 gml$ _$int）、双精度类型（类型 gml$ _$double）、字符串（类型 gml$ _$string）或 GML 对象列表（输入 gml$ _$list）。

因此(132, 258)无效，我相信没有价值也是无效的。

试试下面注释掉的gml，它会加载。

graph [
  directed 1
  node [
    id 0
    label 1
    #shape 
    name "square"
    #center (132, 258)
  ]
  node [
    id 1
    label 2
    #shape 
    name "triangle"
    #center (132, 128)
  ]
  edge [
    source 0
    target 1
    relation "below"
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
    relation "above"
  ]
]

替代解决方案

我发现某处nx.write_gml不支持混合图，包括嵌套图。因此，即使您正确创建了图形，也不会将其正确写入文件。

这是一个替代的平面结构，虽然我不知道这是否是构建数据的好方法。它制作的标签可以用来识别每个形状的角。

import networkx as nx

dg = nx.DiGraph()

# square data
square_label = '0'
square_corners = [(0, 0), (0, 1), (1, 1), (1, 0)]

# main square node
dg.add_node(square_label, name='square')
# shape data for square
base_id = '{0}.corners.'.format(square_label)
last_corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, len(square_corners)-1)
for i, corner in enumerate(square_corners):
    x, y = corner
    corner_id = '{0}{1}'.format(base_id, i)
    dg.add_node(corner_id, x=x, y=y)
    # instead of linking the square to every corner, you might want to link
    # only to one corner and handle the cycle with edges between the corners
    # or whatever. there are many ways it could be done I guess.
    dg.add_edge(square_label, corner_id)  # link from square to each corner
    dg.add_edge(last_corner_id, corner_id)  # corner to corner edges
    last_corner_id = corner_id

nx.write_gml(dg, 'test.gml')

输出：

graph [
  directed 1
  node [
    id 1
    label "0"
    name "square"
  ]
  node [
    id 0
    label "0.corners.1"
    y 1
    x 0
  ]
  node [
    id 2
    label "0.corners.3"
    y 0
    x 1
  ]
  node [
    id 3
    label "0.corners.2"
    y 1
    x 1
  ]
  node [
    id 4
    label "0.corners.0"
    y 0
    x 0
  ]
  edge [
    source 0
    target 3
  ]
  edge [
    source 1
    target 0
  ]
  edge [
    source 1
    target 4
  ]
  edge [
    source 1
    target 2
  ]
  edge [
    source 1
    target 3
  ]
  edge [
    source 2
    target 4
  ]
  edge [
    source 3
    target 2
  ]
  edge [
    source 4
    target 0
  ]
]
于 2014-02-27T14:48:53.663 回答