r - 平滑水平图中的等高线并忽略小于 0 的值

Question

我正在尝试使用 lattice 包制作“平滑”等高线图，并好奇是否有任何方法可以“忽略”矩阵中一半的值。有点难以解释，但希望我的代码能澄清这个问题。

链接到我的数据

https://www.dropbox.com/s/a1todt21f1wzkuk/data.matrix.xlsx

代码：

#load necessary packages
require(xlsx)
require(lattice)
require(latticeExtra)

#import data
my.data<-read.xlsx("C:/Users/eckmannm/dropbox/data.matrix.xlsx", sheetName="1",row.names=TRUE) 
my.data.matrix<-as.matrix(my.data)

#make ranges for axis
Max.Depth.Values<-(c(1,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20))
Trap.Depth.Values<-(c(1,2,4,6,8,10,12,14,16,18,20))

#specify color ramp
col.l <- colorRampPalette(c('red', 'orange', 'yellow', 'green', 'cyan', 'blue'))

#make lattice plot
(colorplot<-  
levelplot(
my.data.matrix, 
row.values=(Trap.Depth.Values),
column.values=(Max.Depth.Values),
col.regions=col.l,
at=seq(from=0,to=18,length=101),    
lattice.options=list(key=list(cex=4)),
aspect = "fill",
xlim=c(1,20),
ylim=c(1,20),
panel = panel.2dsmoother,
ylab=list("Trap Depth (m)",cex=1.4), 
xlab=list("Max Depth",cex=1.4), 
main=list("CPUE of Redside Shiners at Different Depths",cex=1.6),
colorkey=list(at=seq(from=0, to=18, length=80), 
              labels=list(at=c(0,3,6,9,12,15,18), 
                          labels=c("0","3", "6", "9","12", "15", "18")))))

使用代码panel=panel.2dsmoother，我可以创建一个平滑的图像（见下图 1），但该图完全具有误导性，因为我试图忽略所有小于 1 的值（它们应该保持无色）。当我不使用panel=panel.2dsmoother时，我得到一个更“正确”的图像，但它非常像素化，因为我的值太少（见下面的图 2）。

有什么建议吗，或者这甚至可能吗？

Answer 1

R 明智地处理 NA。尝试替换你的底片

my.data.matrix[my.data.matrix <0]=NA