0

我一直在使用 PyMC 分析一些高能物理数据。它工作完美,分析完成,我们正在研究论文。

不过,我有一个小问题。RAM我使用数据库后端运行采样器。这些痕迹在 IPython 内核进程的内存中已经存在了几个月了。问题是工作站支持人员想要执行内核升级并重新启动该工作站。这将导致我失去踪迹。我想保留这些痕迹(而不是仅仅生成新痕迹),因为它们是我制作所有情节的东西。我还想在出版物中包含一部分痕迹(仅感兴趣的参数)作为补充材料。

pymc.MCMC是否可以在使用后端创建的对象中获取现有链RAM,更改为不同的后端,并写出链中的跟踪?

4

1 回答 1

1

跟踪值存储为 NumPy 数组,因此您可以使用numpy.savetxt将每个参数的值发送到文件。(这就是文本后端在幕后所做的。)

虽然保存您当前的跟踪是一个好主意,但我建议您在发布之前花时间让您的分析可重复。

于 2014-02-17T22:07:40.227 回答