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我有一个简单的 C++ 程序，可以在我的 Mac（Mavericks）上成功构建，但在 R 中构建和加载clang++时会失败。R CMD SHLIBdyn.load

这是使用 Gurobi 优化器的 C++ 代码（存储在 中simple.cpp）：

#include "gurobi_c++.h"
#include <iostream>

void fxn() {
  GRBEnv env = GRBEnv();  // Create a Gurobi environment
  GRBModel colgen = GRBModel(env);  // Create empty model object
  colgen.addVar(0, 1, 0.0, GRB_BINARY);  // Add binary variable to model
  std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

int main(int argc, char **argv) {
  fxn();
  return 0;
}

clang++我可以使用链接到 Gurobi 库成功编译和运行此代码：

$ clang++ simple.cpp -I/Library/gurobi562/mac64/include \
  -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 -stdlib=libstdc++ \
  -lpthread -lm
$ ./a.out
Hello world

我能够成功编译R CMD SHLIB：

$ MAKEFLAGS="PKG_CXXFLAGS=-I/Library/gurobi562/mac64/include" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -fPIC  -mtune=core2 \
  -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

但是，dyn.load("simple.so")在 R 中失败：

Error in dyn.load("simple.so") : 
  unable to load shared object '[path]/simple.so':
  dlopen([path]/simple.so, 6): Symbol not found: __ZN8GRBModel6addVarEdddcNSt3__112basic_stringIcNS0_11char_traitsIcEENS0_9allocatorIcEEEE
  Referenced from: [path]/simple.so
  Expected in: flat namespace
 in [path]/simple.so

从c++filt中，我可以看到缺少的符号是GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)，它应该由我正在链接的 Gurobi 库之一提供。

从以前的帖子中，我收集到这些“找不到符号”错误通常是由于没有链接正确的库而发生的，但我已经能够成功编译和运行simple.cpp，并且我将相同的链接选项传递给R CMD SHLIB.

以下是我的~/.R/Makevars文件的内容：

CC=clang
CXX=clang++

编辑我认为这个问题可能与-stdlib=libstdc++我在编译代码时使用的选项有关。当我从第一个构建（的工作调用）中删除此选项时，clang++我得到的第一个链接器错误是：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)", referenced from:
      _fxn in simple-pRHAEs.o

dyn.load这与导致失败的未定义符号相同。

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我解决了这个问题，结果证明这与我如何-stdlib=libstdc++向R CMD SHLIB. R CMD SHLIB调用clang++两次，首先是作为编译阶段来构建一个对象文件（simple.o在我的例子中），然后将该文件链接到一个共享对象中（simple.so在我的例子中）。R CMD SHLIB只是将-stdlib=libstdc++参数传递给第二次调用，但我们还需要它为第一次调用提供参数clang++。我们可以通过添加-stdlib=libstdc++来做到这一点PKG_CXXFLAGS：

$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++ \
  -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

现在，dyn.load("simple.so")从 R 中可以正常工作（尽管正如 @MartinMorgan 和 @JanvanderLaan 所提到的，我需要使用extern "C"或替代方法来公开我的函数，以便实际能够从 R 中调用它们）。

于 2014-02-16T21:52:16.593 回答
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R 期待 C 链接，但您提供了 C++ 链接。一种解决方案是

#include <iostream>

extern "C" void fxn() {
    std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

和

$ R --vanilla CMD SHLIB tmp.cpp && R --vanilla -e "dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')"
clang++ -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -ggdb -O0 -c tmp.cpp -o tmp.o
clang++ -shared -L/usr/local/lib -o tmp.so tmp.o -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR
> dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')
Hello world
list()
于 2014-02-16T20:58:46.057 回答