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以为我会从这个例子开始: http ://www.databozo.com/2014/01/17/Exploring_PyMC3.html

但是,当我使用 pymc 2.3 精确地按照示例进行操作时,我得到一个退出并告诉 API 已更改 UserWarning:不推荐使用 MCMC() 语法。请通过 M = MCMC(input) 显式传入节点。'不推荐使用 MCMC() 语法。请通过 M = MCMC(input).') 显式传入节点,但我不知道如何更改示例以准确提供模型函数的内容以及如何处理 'with' 子句?

有问题的代码是:

%pylab inline
import scipy
import numpy as np
x = np.array(range(0,50))
y = np.random.uniform(low=0.0, high=40.0, size=200)
y = map((lambda a: a[0] + a[1]), zip(x,y))

import matplotlib.pyplot as plt
plt.scatter(x,y)

以上示例数据生成器工作正常

import pymc as pm
import numpy as np

trace = None
with pm.Model() as model:         <<<<<<indicated as the error line
    alpha = pm.Normal('alpha', mu=0, sd=20)
    beta = pm.Normal('beta', mu=0, sd=20)
    sigma = pm.Uniform('sigma', lower=0, upper=20)

    y_est = alpha + beta * x

    likelihood = pm.Normal('y', mu=y_est, sd=sigma, observed=y)

    start = pm.find_MAP()
    step = pm.NUTS(state=start)
    trace = pm.sample(2000, step, start=start, progressbar=False)

    pm.traceplot(trace);
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包作者@fonnesbeck 告诉我,我需要 Github 的开发版本 3,而不是 pypi 版本 2.3。通过 github 安装了它,我很高兴去。开源很棒!

于 2014-02-12T21:53:21.650 回答