（nb。刚刚在 google 群组上发布了这个，但它说它现在已被弃用）
我有一些代码可以将大约 12 个模型参数拟合到一系列数据集。pymc 代码的结果看起来很好，并且与我使用 lmfit 包的相同版本的代码一致，即非线性最小二乘法。我确实担心的一个问题是 95% 的可信区间在我看来是很小的，这对我来说表明某处存在错误。来自其他拟合脚本的标准误差在大小上是合理的，并且函数足够复杂，以至于不太可能出现这种独特的最小值。这可能是我如何采样数据的结果吗？我正在执行 100,000 次迭代，燃烧 50,000 次，然后细化 10 倍。
我的代码是：
https://github.com/mdekauwe/FitFarquharModel/blob/master/fit_farquhar_model/fit_dummy_pymc.py
如果有帮助，我可以尝试上传示例驱动文件，但也许我做了一些明显愚蠢的事情？
当我说微小时，这里是一个例子：
[lmfit] Vcmax25_1 = 16.55232485 +/- 1.22831709 (Std.err)
[pymc] Vcmax25_1 = 19.5718912 [19.57150052, 19.57232205] (95% HPD)
非常感谢，
马丁
附言。如果有人想测试它，我已经添加了一个示例文件。该脚本的底部有必要的链接......（当然需要从示例目录下载文件）
我的猜测是采样器必须卡住，所以我会尝试更详细地查看痕迹。