r - 缠结使用外部代码文件的 knitr 文件

Question

当我有以下情况时，有没有办法在纠结的文件中包含外部代码：

<<xref>>=
@

（这里的外部参照是对外部文件中代码的引用）

或者

<<internal-ref>>=
<<xref>>
@

还是我需要获取外部文件并以某种方式从中工作？

当在包中包含 knitr vignettes 时，这是一个问题。在检查小插图的最后阶段，R 尝试获取纠结的文件。缺少代码会导致问题！

我正在使用 1.5 版的 knitr。

Answer 1

最初的设计purl()在很多方面都存在缺陷。例如，它不尊重使用<<>>. 我真的不认为R CMD build/check应该纠结这些小插曲，因为编织已经运行了一次代码。也就是说，您可以尝试最新的开发版本，我在其中引入了一个新功能hook_purl()，它应该可以更好地用作 tangling 实用程序。要启用它，请使用

knit_hooks$set(purl = hook_purl)

然后在编织期间进行缠结，这意味着执行的任何内容都会写入 R 脚本。这保证了纠结的 R 脚本真正包含执行的代码。您只需调用knit()一次即可获取输出文档和 R 脚本。

Answer 2

我也在使用knitr 1.5 版，您提供的第二个选项对我来说效果很好。

在这里，文档中唯一的 R 代码存储在一个命名的未评估块中"child.Rnw"：

<<xref, eval=FALSE, echo=FALSE, results="hide">>=
d <- 1:10
d
@

该文件及其块被使用该选项"main.Rnw"的初始块读入主文件。child="filename"第二个块评估代码：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<child, child="child.Rnw", eval=TRUE>>=
@

<<internal-ref, eval=TRUE>>=
<<xref>>
@

\end{document}

它编织得很好，更重要的是，它会生成一个包含所有 R 代码purl("main.Rnw")的复杂文件。看起来像这样："main.R""main.R"

## ----child, child="child.Rnw", eval=TRUE---------------------------------

## ----xref, eval=FALSE, echo=FALSE, results="hide"------------------------
## d <- 1:10
## d


## ----internal-ref, eval=TRUE---------------------------------------------
d <- 1:10
d

我没有尝试将它作为一个小插图运行，但由于它没有丢失任何源代码，它看起来至少应该解决你的近端问题......