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我想，标题总结了我的问题。我将不胜感激任何人可能对我可以尝试的其他任何指示。我在下面用粗体字粘贴了控制台输出。MonetDB.R 的安装版本是 R-forge (0.8.5) 的最新版本。

fabians@wap27:~$ R

[...]

> library(MonetDB.R)   
Loading required package: DBI
Loading required package: digest

Attaching package: ‘MonetDB.R’

The following objects are masked from ‘package:stats’:

    sd, var

The following objects are masked from ‘package:base’:

    sample, tabulate

> sessionInfo()
R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] MonetDB.R_0.8.5 digest_0.6.3    DBI_0.2-7      
> 
> # as @ https://github.com/ajdamico/usgsd/tree/master/MonetDB:
> batfile <- monetdb.server.setup(
+         database.directory = "~/monetdb",
+         monetdb.program.path = "/usr",
+         dbname = "test",
+         dbport = 50000L)
/home/fabians/monetdb did not exist.  now it does

似乎奏效了……

>
> batfile <- "/home/fabians/monetdb/test.sh"

> system(paste("cat ", batfile))
#!/bin/sh
/usr/bin/mserver5 --set prefix=/usr --set exec_prefix=/usr --dbpath /home/fabians/monetdb/test --set mapi_port=50000 --daemon yes > /dev/null &
echo $! > /home/fabians/monetdb/mserver5.started.from.R.pid

谁能告诉我这个 shell 脚本是否看起来像它应该的那样？

> system(paste("ls ~/monetdb"))
test  test.sh

好的，因此创建了一个（空的）“测试”目录以及 .sh

> monetpid <- monetdb.server.start(batfile)
Read 1 item
> system(paste("ls ~/monetdb/test"))
00e3bc31-ca59-43e6-ace8-a96aac37bddd  bat  box

现在启动 monetdb 服务器后，测试目录包含数据库信息，我猜？

> dbname <- "test"
> dbport <- 50000L
> monet.url <- paste0("monetdb://localhost/", dbname)
> db <- dbConnect( MonetDB.R(), monet.url, 
+                  port=as.integer(dbport), timeout=as.integer(86400))
Error in .monetAuthenticate(socket, dbname, user, password) : 
  Authentication error: !monetdbd: no such database 'test', please create it first

找不到测试目录的原因可能是什么？

略有不同的命令，如在帮助中monetdb.server.start和在https://github.com/ajdamico/usgsd/tree/master/MonetDB：

> monet.url <- paste0("monetdb://localhost:", dbport, "/", dbname)
> db <- dbConnect( MonetDB.R(), monet.url, wait = TRUE )
R: mapi.c:72: mapiConnect: Assertion `Rf_isInteger(port)' failed.
Aborted

这个bug应该已经修复了，看这里...

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该错误的原因是您的 monetdbd 仍在端口 50000 上运行，这就是 monetdb.server.start 生成的 mserver5 进程无法绑定到它的原因。因此，要么在 monetdb.server.setup 中选择不同的端口（例如 50001），要么在调用 monetdb.server.start 之前终止 monetdbd。也许我们可以添加一个检查 monetdb.server.setup 以确保没有进程正在侦听指定的端口......

于 2014-01-28T14:04:21.557 回答