所以我有大约 250 万个节点来自不同的来源，主要是系统发育树和来自数据库的其他数据。我正在尝试使用 sigmajs 实现来可视化网络地图，并开始使用脚本编写 xml。我无法理解的是如何计算 x 和 y 位置？les_miserable 可视化清楚地表明它是有序的，而 gexf 文档并没有详细说明我们应该如何计算 x 和 y 坐标。使用三个节点修补位置并没有对这个问题有太多了解，而且 gephi 网站似乎从我的角度来看。如果有人可以解释如何在涉及 4 或 5 个集群的复杂网络地图中计算 x 和 y 坐标，那将非常有帮助。
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x 和 y（还有 z，如果你想要 3D！）坐标是使用“布局”计算的，ForceAtlas 是这些布局之一。您可以在 Gephi 桌面版中应用布局，或者通过使用 Gephi Toolkit Java 库的 Java 程序以编程方式应用，可在此处获得：https ://gephi.org/toolkit/
运行布局的示例：https ://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Layout_graph
然后，您可以以保留节点坐标的格式导出网络 - gexf 格式是一个很好的格式。使用工具包将图形导出为 gexf 格式的脚本：https ://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Export_graph
于 2014-02-12T22:57:31.557 回答