shell - 比较两个文件后提取特定列的所有行

Question

我有两个包含数千行的文本文件。文件 A 只有一列 (ID)

#ID
rs111
rs222
rs333
rs444

文件 B 如下所示：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL ......

22 111 rs111 T C . ....

22 222 rs222 A G ....

22 333 rs666 G T ...

22 444 rs777 A A ..

这是我想要的输出：

#CHROM POS ID REF ALT QUAL ......

22 111 rs111 T C . ....

22 222 rs222 A G ....

即我只想从文件 B 中提取那些 ID 与文件 A 中给出的 ID 匹配的行。我怎样才能做到这一点？谢谢

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你可以使用这个 awk：

awk 'FNR==NR{a[$1];next} ($3 in a)' fileA fileB
22 111 rs111 T C . ....
22 222 rs222 A G ....

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请参阅 biostars 中的“查询 dbSNP VCF 文件”：http: //www.biostars.org/p/88799/或http://www.biostars.org/p/12707/

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尽管awkanubhava 发布的解决方案更优雅，但您可能会逃脱：

$ grep -f filea fileb 
22 111 rs111 T C . ....
22 222 rs222 A G ....

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