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我是 Python 新手，无法将我用 R 编写的模型翻译成 Python 语言。如果有人对可能有帮助的资源或代码示例有任何建议，我将不胜感激。我已经在帮助文件等中看到了一些代码和文本片段，但是对于 Python 新手来说，没有一个是完全注释或足够具体的。以下模型是仿照 Royle (2004) 建模的 N 混合丰度模型：用于从空间复制计数估计种群大小的 N 混合模型。基本上它描述了一个泊松/二项式混合模型，其中 Z_i 是湿地水平的丰度，并被视为具有泊松分布的随机变量。在站点 i 和访问 j 期间观察到的育雏丰度 (yij) 遵循指数参数 Z_i 和成功参数 p_ij 的二项式分布。

model {

## Priors

a0 ~ dunif(-5, 5)
a1~ dunif(-5, 5)
a2 ~ dunif(-5, 5)
a3~ dunif(-5, 5)
b0 ~ dunif(-5, 5)
b1~ dunif(-5, 5)
b2~ dunif(-5, 5)

## Model

# State process
for(i in 1:5175) {
logit(psi[i]) <- min(max(a0 + a1*wetarea[i] + 
    a2*percentcover[i] + 
    a3*(year[i]), -99), 99)

Z[i] ~ dbern(psi[i])

# Detection process
for(j in 1:3) {
    logit(p[i, j]) <- b0 + b1*emergentcover[i, j] + 
        b2*time[i]
    y[i, j] ~ dbin(p[i, j], Z[i])
    }
}


## Derived parameters   
Zsum <- sum(Z[])    # Number of sites occupied
PAO <- Zsum / 100   # Proportion of sites occupied (aka PAO)

}

提前感谢您的任何帮助/建议

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1 回答 1

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PyMC wiki上有几个示例，包括占用和混合模型。我会看那些；你的模型看起来很简单。

于 2014-01-08T19:50:26.027 回答