python - 为支持向量机解析 pdb

Question

我正在使用 python 研究 SVM（支持向量机）。

我的输入是 pdb 文件。我已经看到了许多使用数据集的示例。但是，就我而言，我想解析蛋白质的 3d 结构（.pdb 文件）。

如何从 pdb 获取 svm？

Answer 1

SVMa 设计用于处理数字。蛋白质 3d 结构远非如此。有几个可能的选择：

• 创建某种固定长度的数字表示，这在化学信息学中称为fingerpint，包括数十种现有方法，即。克莱科塔FP；PubChemFP、subFP 等
• 使用为此类结构（如标记图）开发的 custrom 内核，其中一个内核是用于化学信息学的图形内核，即。那些包含在chemcpp