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很快就会很明显，我是 Python 和一般编码的新手。我有一个存储为文本文件的基因 ID 列表，我想使用 Entrez 函数搜索 GenBank 数据库并检索与 ID 对应的蛋白质序列。理想情况下，我希望最终产品是 FASTA 文件，因为此时我真的只对序列感兴趣。使用 Biopython 教程（http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec15），我想出了这个：

from Bio import Entrez
from Bio import SeqIO
Entrez.email = "me@mysite.com"
id_list = set(open('test.txt', 'rU'))
handle = Entrez.efetch(db="protein", id=id_list, rettype="fasta", retmode="text")   
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
    print ">" + seq_record.id, seq_record.description
print seq_record.seq
handle.close()

但是当我运行它时，我得到了错误：

File "C:/Python27/Scripts/entrez_files.py", line 5, in <module>
  handle = Entrez.efetch(db="protein", id=id_list, rettype="fasta", retmode="text")
File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Entrez\__init__.py", line 145, in efetch
  if ids.count(",") >= 200:
AttributeError: 'set' object has no attribute 'count'

每次我使用 rettype = 'fasta' 时都会遇到类似的错误。当我使用 rettype = 'gb' 时，我没有收到此错误，但我真的很想得到一个 fasta 文件。有人有什么建议吗？谢谢！

编辑：对不起，我忽略了输入文件的内容。在完美的世界中，代码将接受如下输入格式：

gi|285016822|ref|YP_003374533.1|
gi|285018887|ref|YP_003376598.1|
gi|285016823|ref|YP_003374534.1|
gi|285016824|ref|YP_003374535.1| 
....

但我也尝试过使用只有基因 ID (GIs) 的简化版本，如下所示： 

285016822 
285018887 
285016823
285016824...
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在efetch的源码中可以看到，id参数必须有count方法。通常这将是具有单个 ID 的字符串或具有所有 ID 的 Python 列表。您正在使用 a set，大概是为了消除重复值，因此您可以转换为如下列表：

id_list = set(open('test.txt', 'rU'))
id_list = list(id_list)
于 2013-12-30T22:30:00.553 回答