bash - 当服务器上的 qsub 提交的作业完成时，在我的本地计算机上运行脚本

Question

我正在通过 qsub 将作业提交到服务器，然后想在作业完成后在本地机器上分析结果。虽然我可以找到一种在服务器上提交分析作业的方法，但不知道如何在我的本地机器上运行该脚本。

jobID=$(qsub job.sh)

qsub -W depend=afterok:$jobID analyze.sh

但不是上面的，我想要类似的东西

if(qsub -W depend=afterok:$jobID) finished successfully
sh analyze.sh
else
some script

我怎样才能完成上述任务？

非常感谢。

score 2 · Accepted Answer

我遇到了类似的问题，我将尝试勾勒出对我有用的解决方案：

提交实际工作后，

jobID=$(qsub job.sh)

我会在您的脚本中创建一个循环，检查作业是否仍在使用

qstat $jobID | grep $jobID | awk '{print $5}'

虽然我不能 100% 确定状态是否在 5h 列中，但您最好仔细检查一下。作业空闲时，状态将为I或Q，运行R时，之后C。

完成后，我通常会对输出文件进行 grep 以查看运行是否成功的迹象，然后运行适当的后处理脚本。

score 2 · Accepted Answer

对我有用的一件事是使用 qsub 同步选项

qsub -sync y job.sh

（在命令行或作为

#$ -sync y

在脚本（job.sh）本身中。

只有当作业（或所有数组作业）成功完成时，qsub 才会以代码 0 退出。

2 回答 2