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问题：

我对 GNU Make 很陌生。有没有更好的方法以编程方式将统计数据集从 sas7bdat 转换为 csv 文件，并使用 GNU Make 使它们彼此同步以促进可重复的研究？你会从编码的角度以不同的方式解决这个问题，还是有更好的方法来促进可重复的研究？statTransferOptions.txt我可以在使用静态模式规则时添加额外的先决条件（即）吗？

解决方案需要：

  • 查找所有子目录中的所有 sas7bdat 文件
  • 读取 statTransfer 选项
  • 使用带有选项的 statTransfer 命令行工具将 sas7bdat 文件转换为 csv 文件
  • 鉴于 statTransfer 的当前限制，我认为这将需要两个步骤：
    • 为每个 SAS 数据文件 ( .sas7bdat)构建 statTransfer 命令文件 ( .stcmd)
    • 通过使用 stcmd 文件中的选项执行 statTransfer (st) 为每个 stcmd 文件构建 csv 文件
    • 目标 stcmd 和 csv 文件应与必备的 sas7bdat 文件位于同一子目录中
    • 如果存在新的 sas7bdat 文件或基本选项文件发生更改，则查找过期的 stcmd 和 csv 文件并更新它们

语境：

我继承了一份每年发布的大型统计报告。在前几年，分析是在 SAS 中完成的。我们现在正在使用 R。SAS Enterprise Guide 生成的一些 sas7bdat 文件无法使用sas7bdat 包正确导入。StatTransfer 是一款商业产品，具有命令行界面，并且可以将 sas7bdat 文件正确转换为 csv 文件；但是，有一些选项可以改进转换（例如，日期格式的写入）。sas7bdat 文件位于与数据集类型和年份相对应的多个子目录中。

这种方法进一步受到以下因素的推动：

克里斯托弗·甘德鲁德 (2013-06-21)。使用 R 和 RStudio 进行可重复研究（Chapman & Hall/CRC The R Series）（第 104-105 页）。查普曼和霍尔/CRC。Kindle版。

故障排除：

建议的 MAKEFILE？

RDIR := .

######
#PREP#
######
# Use BASH shell to create list of source sas7bdat files
SASDATA = $(shell find $(RDIR) -type f -name '*.sas7bdat')

# Use pattern substring functions to define variable list of filenames
# to be used as targets in recipes
STCMD_OUT = $(patsubst $(RDIR)/%.sas7bdat, $(RDIR)/%.stcmd, $(SASDATA))
CSV_OUT = $(patsubst $(RDIR)/%.sas7bdat, $(RDIR)/%.csv, $(SASDATA))

#########
#TARGETS#
#########

all: $(STCMD_OUT) $(CSV_OUT)

# I think the name "static pattern rules" is misleading
# but I found this to be helpful:
# http://www.gnu.org/software/make/manual/make.html#Static-Pattern

# can I add statTransferOptions.txt as a pre-requisite while using static pattern rules?

$(STCMD_OUT): $(RDIR)/$(@D)/%.stcmd: $(RDIR)/$(@D)/%.sas7bdat
    cp $(RDIR)/statTransferOptions.txt $@
    echo copy $(RDIR)/$< delim $(RDIR)/$(basename $<).csv -v >> $@
    echo quit >> $@

$(CSV_OUT): $(RDIR)/$(@D)/%.csv: $(RDIR)/$(@D)/%.stcmd
    st $(RDIR)/$<

clean:
    rm $(STCMD_OUT)
    rm $(CSV_OUT)

从 SO 输入后修改的 MAKEFILE：

RDIR := .

######
#PREP#
######
# Create list of source sas7bdat files
SASDATA := $(shell find $(RDIR) -type f -name '*.sas7bdat')

STCMD_OUT := $(patsubst $(RDIR)/%.sas7bdat, $(RDIR)/%.stcmd, $(SASDATA))
CSV_OUT := $(patsubst $(RDIR)/%.sas7bdat, $(RDIR)/%.csv, $(SASDATA))

#########
#TARGETS#
#########

all: $(STCMD_OUT) $(CSV_OUT)

$(STCMD_OUT): %.stcmd: %.sas7bdat statTransferOptions.txt
    cp $(RDIR)/statTransferOptions.txt $@
    echo copy $(RDIR)/$< delim $(RDIR)/$(basename $<).csv -v -y >> $@
    echo quit >> $@

$(CSV_OUT): %.csv: %.stcmd
    st $(RDIR)/$<

clean:
    rm $(STCMD_OUT)
    rm $(CSV_OUT)

但是，正确的选择可能是调试 CRAN sas7bdat 包，以便整个工具链可用，而不是调用专有的 statTransfer。

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在 SO 中，我们通常没有时间或精力（或者，通常是兴趣）去阅读相关的论文、选项、替代方案等。如果您简单而清楚地指定您遇到问题的代码（在此情况下，提供的makefile很棒），您遇到的确切问题，包括错误消息或不正确的输出（这在您的问题中并不明显），您想要发生的事情没有发生，因为这并不总是很清楚，也许还有你尝试过但没有奏效的任何其他想法或方向。

我不确定您遇到的确切问题是什么，但我发现您的 makefile 存在许多问题。首先，这将起作用，但效率非常低：

SASDATA = $(shell find $(RDIR) -type f -name '*.sas7bdat')

你应该在:=这里使用赋值的形式。可能您应该在设置时也使用它STCMD_OUT，CSV_OUT尽管这不太重要。

但最重要的是，这些规则并不正确：

$(STCMD_OUT): $(RDIR)/$(@D)/%.stcmd: $(RDIR)/$(@D)/%.sas7bdat

您不能$@在目标或先决条件列表中使用自动变量（或其任何替代形式）。自动变量仅在规则的配方中定义。您可以为此使用二级扩展，但我不确定您为什么要这样做。为什么不直接使用：

$(STCMD_OUT): %.stcmd: %.sas7bdat

? 其他静态模式规则也一样？

至于您的问题，是的，添加额外的先决条件（例如statTransferOptions.txt静态模式规则）是完全可以的。

于 2013-12-16T17:33:01.910 回答