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I was looking in the wiki how to convert the following information about beads, cartesian coordinates + energy :

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45 -56.7 .......

to a draw in pymol that contains for each atom a sphere of radius R, centered on its coordinates, and with color, in a rainbow gradient.

Thanks

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您渲染的内容实际上与分子结构有关吗（即使用 PyMol 的动机是什么）？

如果您正在绘制一些分子结构，我建议您只输出一个带有球体坐标的自定义 PDB 文件（您可以使用每个 ATOM 行的 B 因子字段作为在 PyMol 中控制每个原子着色的一种方式）。

如果您不绘制分子结构，则最好使用 PyMol 的 CGO 界面。

从 PyMol 文档中：

CGO 球体由 SPHERE 命令生成。

球体，x，y，z，d

其中 x,y,z 是球体中心的坐标，d 是球体的直径。请注意如何使用 COLOR 命令设置球体的颜色。与 LINES 一样，当要绘制的下一个球体的颜色发生变化时，您只需要一个 COLOR 命令。

一个简单的例子：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)
于 2010-01-16T00:35:25.880 回答