python - 如何从一组不同的输入文件中为bash中的python脚本输出多个文件

Question

我已经有了我的 python 脚本，通过将 5 个不同的输入文件传递给它来生成我想要的输出文件。每个输入文件都在不同的文件夹中，并且在每个文件夹中还有更多的文件，它们都以“chr”开头并以扩展名“.vcf.gz”结尾

因此，我执行以产生一个输出的命令是：

python myscript.py /folder1/chrX.vcf.gz /folder2/chrX.vcf.gz /folder3/chrX.vcf.gz /folder4/chrX.vcf.gz /folder5/chrX.vcf.gz > /myNewFolderForOutputs/chrXoutput.txt

现在我想要获得的是一个单一的命令来对包含在相同文件夹中的其他输入文件执行相同的操作，比如说“chrY.vcf.gz”和“chrZ.vcf.gz”，同时产生我的每组输入文件都有一个输出文件，名为“chrYoutput.txt”和“chrZoutput.txt”

那可能吗？我应该改变我的策略吗？

非常感谢您的任何建议或提示！

Answer 1

如果您的文件夹结构遵循您在示例中描述的模式，那么这将起作用：

for i in X Y Z; do
    python myscript.py /folder[1-5]/chr$i.vcf.gz > /myNewFolderForOutputs/chr${i}output.txt
done

不是 100% 确定这是否是您所要求的。