我正在使用 EMBOSSwin 的 needle() 命令行函数，它执行成对的全局对齐，但我遇到了一个奇怪的警告。
所以我有 24 对需要比对的氨基酸序列，我使用“subprocess.call()”从 python 运行 needle() 命令——虽然这个过程发生（看起来很顺利），但我收到以下警告：
Warning: Sequence character string not found in ajSeqCvtKS
额外线索：
尽管有这个奇怪的警告...如您所见，needle() 以 .fasta 格式成功生成了对齐...
...但是...我在尝试将这些对齐读回 python 时遇到无法解释的“AssertionErrors” -使用 biopython 的 AlignIO.read() 函数（请参阅：http ://bit.ly/1aHK9w7我的问题直接相关这个AssertionError）...
*要明确：这些 AlignIO() AssertionErrors 可能与needle() 警告无关，但我将警告视为调查的主要线索......！