python - 在没有实际作业文件的情况下提交 qsub 作业的语法？

Question

我想在不创建离散作业文件的情况下即时提交 qsub 作业。所以，假设我有一个名为“get_time.py”的python 脚本，它只报告时间。而不是像这样制作提交脚本：

cat>job.sub<<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd $PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

...然后提交作业：qsub job.sub

我希望能够绕过文件创建步骤，并且我认为该构造将是这样的： qsub -d . -e get_time.py

我的虚构参数在哪里-e告诉 qsub 以下是要发送到调度程序的代码，而不是使用离散的提交文件。

我疯了吗？似乎应该已经有一个简单的解决方案，但我无法在任何地方找到它。感谢您的任何建议！

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如果您可以在 HERE 文档中编写工作，如您的示例中所示，您可以将该 HERE 文档直接传递给 qsub，而无需临时文件：

qsub <<eof
    #PBS -l walltime=1:00:00
    cd \$PBS_O_WORKDIR
    get_time.py
eof

另请注意，您需要转义美元符号，$PBS_O_WORKDIR否则它将在提交作业之前被插值并最终成为一个空字符串。

score 3 · Accepted Answer

qsub在提供所有选项（-d .等）后，您可以将任何可执行脚本/文件的名称传递给。脚本名称之后的任何参数都被视为该脚本的参数。例如，如果我有脚本 test.py：

#!/usr/bin/python
from sys import argv
script, param = argv
print param

然后我可以跑

qsub test.py 2

我的日志的输出将是2.

需要注意的两个重要事项：

score 3 · Accepted Answer

在 Grid Engine 中，-by 指定要执行的东西是二进制文件，而不是脚本：

qsub -b y get_time.py

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我不明白这个问题，但...

echo 'date' | qsub

不适合你吗？

于 2013-11-21T17:45:03.153 回答

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只要get_time.py是可执行的，而且shebang是正确的，你应该可以简单地运行

qsub -d . get_time.py

如果由于任一原因失败，您可以使用以下构造

qsub -d . <<< "python get_time.py"

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