python-2.7 - 如何在序列中找到最大k-mer

Question

样本输入：

ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT # 这是我们必须搜索的序列

 4 # this is the k-mer(integer value)

样本输出：

CATG GCAT

我不明白该怎么做。请帮我。提前致谢。

Answer 1

如果我正确理解您的问题，以下是处理列表的一种方法：

s="ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT"
n=4
k=len(s)-2*n
klist = []
for i in range(k):
    kmer=s[i:i+n]
    if not(kmer in klist) and (kmer in s[i+n:]):
        klist.append(kmer)
print klist

除非我误解了，否则您的示例似乎有更多预期的 kmers：

['TGCA', 'GCAT', 'CATG', 'ATGA']

对于n = 5：

['TGCAT', 'GCATG', 'CATGA']

甚至对于n = 6：

['TGCATG', 'GCATGA']