1

R 安装在我们的大学集群上，但用户无权在主存储库中安装软件包。是否可以在我的用户登录中设置个人或临时存储库，我可以在其中安装和运行 R 包？

我一直在尝试使用 install.packages 安装软件包：

>install.packages('BiocInstaller_1.13.2.tar.gz', destdir="/home/jti222/programs",
lib="/home/jti222/R", repos=NULL, type="source")

然后它返回以下消息：

/share/cluster/apps/R/2.8.1/lib64/R/bin/INSTALL: line 280: /usr/bin/sed: No such 
file or directory
ERROR: cannot extract package from 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz'
Warning message: In install.packages("BiocInstaller_1.13.2.tar.gz", destdir =    
"/home/jti222/programs",  : installation of package 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz' 
had non-zero exit status

是否有遗漏的论点或无法做到这一点？

谢谢您的帮助！

4

1 回答 1

0

R 2.8.1 很旧（2009 年？）；最新版本会询问，当您尝试时，install.packages()或者source("http://biocondcutor.org/biocLite.R"); biocLite()，如果您想在自己的库中安装软件包，即，您正在尝试做什么！此外，BiocInstaller 版本旨在与特定版本的 R 一起使用，版本 1.13.* 旨在与 R 的当前开发（成为 3.1）版本一起使用；尝试在几年前的 R 上运行当前的 Bioconductor 软件包不会有任何长期的快乐。

请您的系统管理员安装最近的 R；拥有一个运行旧软件的精美集群是没有意义的。

或者自己安装 R。它实际上并不太难（这可能是轻描淡写，特别是如果安装的软件与 R 软件一样旧）；这是官方说明；您只需要弄清楚第 1 节和第 2.1 节，类似于以下内容

mkdir ~/src && cd ~/src
svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended
mkdir ~/bin/R-devel && cd ~/bin/R-devel
~/src/R-devel/configure && make -j

其次是

~/bin/R-devel/bin/R

可能会让你大部分时间到达那里。如果存在重大问题，例如缺少 libxml 或其他缺少/过时的库，那么最好的办法是与系统管理员交谈。

于 2013-11-13T01:13:46.400 回答