SeqRecord 类应具有以下属性中的这些字段:
- dbxrefs包含一个带有数据库交叉引用 (DBLINK) 的字符串:'BioProject:PRJNA42399'。
- annotations是另一个字典,包含许多值,包括关键字 (annotations['keywords']),例如:comment、taxonomy、organism、accesions。
- features包含作为 SeqFeature 类实例列表的功能。
有关更多信息,您可以阅读 SeqRecord 类 wiki:http ://biopython.org/wiki/SeqRecord和 SeqFeature 参考页面:http ://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqFeature.SeqFeature-class .html
您可以做的另一件事是保存您提供的这个 genbank 文件并使用 SeqIO 读取它,然后使用 dir() 查看哪些是您可以使用的实际属性,对于存储为字典的属性,它很有用看钥匙。像这样的东西(其中 my_file.gbk 包含您提供的文件的子序列):
my_record = SeqIO.read('my_file.gbk', 'gb')
print "DBXREFS: ", my_record.dbxrefs
print "ANNOTATIONS: ", my_record.annotations.keys()
print "FEATURES: ", my_record.features
将为您提供有关您提供的文件的更多信息:
DBXREFS: ['BioProject:PRJNA42399 BioSample:SAMN02603066']
ANNOTATIONS: ['comment', 'sequence_version', 'source', 'taxonomy', 'keywords', 'references', 'accessions', 'data_file_division', 'date', 'organism', 'gi']
FEATURES: [SeqFeature(FeatureLocation(ExactPosition(0), ExactPosition(1001), strand=1), type='source'), SeqFeature(FeatureLocation(BeforePosition(0), ExactPosition(471), strand=1), type='gene'), SeqFeature(FeatureLocation(BeforePosition(0), ExactPosition(471), strand=1), type='CDS')]