php - 将 R 与 PHP 集成以对齐序列

Question

我是 php 和 R 的新手。我网页的用户在 html 表单的文本区域中输入 dna 或蛋白质序列。我想对齐这些序列，然后对其进行一些操作。对于对齐，我用 R 编写了一个脚本并在终端中正确运行它。但是当我从 php 调用它时，它不会运行。

R脚本：

args <- commandArgs(TRUE)
pure_seq <- args[1]
library(muscle)
muscle(seqs = pure_seq, out = "Align.fasta")
dev.off()\

和我的 php 代码来调用这个脚本：

exec( "C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\Rscript.exe  my_rscript.R" .$data);

如何通过 php 和 R 运行对齐？

score 0 · Accepted Answer

我注意到一个错字

exec( "C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\Rscript.exe  my_rscript.R" .$data);

而 atr-bloggers引号是不同的

exec("Rscript my_rscript.R $N").

我希望这会解决它

1 回答 1