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我正在尝试使用 exec 从 PHP 运行 R 命令。我知道使用 RServer 或套接字连接会更有意义，但这些选项目前对我不可用。

代码如下所示：

$cmd = '/var/www/r.sh';
exec($cmd, $out, $return_var);

r.sh 包含以下内容

#!/bin/bash
source /home/ubuntu/.bashrc
cd /home/ubuntu
R CMD BATCH RFile.R

当我从 shell 发出命令时，它工作得非常好。当我从 PHP 运行命令时，出现以下错误：

> test( read.csv("OutData.csv",header=T,stringsAsFactors=FALSE,encoding="UTF-8"))
Error in library(randomForest) :
  there is no package called 'randomForest'
Calls: test -> library
Execution halted

我最初的想法是它可能与许可有关。我已授予 www-data read 对所有内容的执行权限，但无济于事。我还以 www-data 用户的身份从 shell 运行命令，它工作正常。只有从 PHP 调用它才会失败。

所以，我现在认为这是一个路径问题。randomForest 是一个 R 库，并且已正确安装在盒子上：

ubuntu@<removed>:/var/www$ sudo find / -name randomForest
/home/ubuntu/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/randomForest
/home/ubuntu/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0/randomForest/R/randomForest

我找不到任何设置路径的 shell 环境变量，所以我不明白为什么该命令在 shell 中有效，而不是在 PHP 中有效。

有任何想法吗？

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相关的环境变量是R_LIBS和R_LIBS_USER；R 安装和管理手册是相关参考。如果您想查看如何在 R 会话中设置这些变量，请尝试

ss <- Sys.getenv()
ss[grep("^R_LIB",names(ss))]
于 2013-11-11T20:05:47.653 回答