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我一直在尝试使用名为Abnum的编号服务器自动重新编号 pdb 文件。他们指出：要对结构进行编号，您必须以 POST 格式传递参数并使用 enctype="multipart/form-data"。它确实适用于单个序列，但上传 pdb 文件（纯文本文件）仍然是一个问题。

我的代码：

import requests
rel_path = "PDB_mono"
rel_path2 = "1A5F.pdb"
i = os.path.abspath(__file__)
g = os.getcwd()
mypath = os.path.join(g,rel_path)
mypath = os.path.join(mypath,rel_path2)
print mypath
url = 'http://www.bioinf.org.uk/cgi-bin/abnum/abnumpdb.pl?plain=1&pdb=1A5F.pdb&scheme=-a&output=-l'
files = {'file': open('1A5F.pdb', 'rb')}
r=requests.post(url, files={'file': open(mypath)}).content
print r

我的文件：

mypath =F:\Leuven\Python\PDB_mono\1A5F.pdb

回复：

<html>    
<head>
   <title>AbNum results</title>    
   <link rel='stylesheet' href='/bo.css' />    
</head>    

<body>    
<h1>Abnum: PDB numbering</h1>         

<h3>There was an error in your submission</h3>

<pre>    
Either the PDB file you specified did not exist, or contained no ATOM records    
</pre>

<p>Click the browser "Back" button to return to the form and correct your error.</p>    
</body>    
</html>

</body>    
</html>

我正在使用 Windows 7，python 2.7。

我真的很感激回复，或者至少有一些指向正确的方向

示例 PDB 文件：

.pdb 文件

您可以在右侧将其作为文本文件下载。这是一个包含原子坐标的简单文件

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