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我有两个文件。第一个文件看起来像这样：

'1'     'PS'    'at5g38660'     'Symbols: APE1 | APE1'  T
'1.1'   'PS.lightreaction'      ''      ''
'1.1.1' 'PS.lightreaction.photosystem II'       ''      ''
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        'at1g15820'     'Symbols: LHCB6, '    T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        'at1g29910'     'Symbols: CAB3'        T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        'at1g29920'     'Symbols: CAB2'        T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        'at1g29930'     'Symbols: CAB1'        T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        'at1g76570'     'chlorophyll A-B'       T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'            'at1g03600'     'photosystem II'        T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'      'at1g05385'    'photosystem II 11 kDa'  T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'     'at1g06680'     'Symbols: PSBP-1SII-P'     T

第二个文件：

at5g38660       2356766_1

at1g15820       3043768_9

at1g29930       2325825_1

at1g76570       2921847_3

at1g03600       2368346_5

at1g05385       2321872_2

预期输出：

'1'     'PS'    '2356766_1'     'Symbols: APE1 | APE1'  T
'1.1'   'PS.lightreaction'      ''      ''
'1.1.1' 'PS.lightreaction.photosystem II'       ''      ''
'1.1.1.1 'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        '3043768_9'     'Symbols: LHCB6, '    T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        ''     ''       
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        ''     ''        
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        '2325825_1'     'Symbols: CAB1'        T
'1.1.1.1'       'PS.lightreaction.photosystem II.LHC-II'        '2921847_3'     'chlorophyll A-B'       T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'            '2368346_5'     'photosystem II'        T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'      '2321872_2'    'photosystem II 11 kDa'  T
'1.1.1.2'       'PS.lightreaction.photosystem II.PSII'     ''     ''

在这里，我希望将第一个文件的“at5g38660”替换为 2356766_1.. 等等。

如果匹配，则第一个文件中的所有列都保持不变，除了第三个（它被第二个文件中的值替换）。

如果没有匹配，那么我希望将第一个文件的第一列和第二列以及第三列、第四列和第五列打印为 blanl。（显示在预期输出中）

编码累：

import sys
ara_red_file  = open (sys.argv[1]).readlines()
ara_map_file     = open (sys.argv[2]).readlines()
for line in ara_red__file:
    split_line = line.split('\t')
    ara_id1    = split_line[0]
    redbean_id = split_line[1]
    for lines in ara_map_file:
        split_line  = lines.split('\t')
        bincode     = split_line[0]
        name        = split_line[1]
        ara_id2     = split_line[2]
        description = split_line[3]
        code_type   = split_line[4]
            if ara_id2 == ara_id1: 
                print bincode+'\t'+name+'\t'+"'"+redbean_id+"'"+'\t'+description +'\t'+code_type
            elif ara_id2 != ara_id1: 
                print bincode+'\t'+name+'\t'+ "''" +'\t'+ "''"

这里我面临的问题是我没有得到预期的输出.. 它不检查 lat if 条件并打印最后一个 elif 条件打印。

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1 回答 1

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我建议您首先使用第二个文件创建一个字典，并确保将其存储好，然后制作您正在使用的 for 循环，但您必须确保您在比较中做得很好。

从文件创建字典：

dict = {}
ara_red_file  = open (sys.argv[1]).readlines()
for line in ara_red__file:
    split_line = line.split('\t')
    dict[split_line[0]] = split_line[1]

所以我们假设字典的结尾“像”这样：

#####ADDED COMMAS AT THE END OF EACH ELEMENT
dict = {
'at5g38660': 12345,
'at5g386x2': 45678,
'at5g386x3': 123,
'at5g386x4': 5555,
}

所以现在你必须检查字典中是否有一个键，比如你的第一个文件的第三列，如下所示：

ara_map_file     = open (sys.argv[2]).readlines())
for lines in ara_map_file:
        split_line  = lines.split('\t')
        bincode     = split_line[0]
        name        = split_line[1]
        ara_id2     = split_line[2]
        description = split_line[3]
        code_type   = split_line[4]
            if dict.get(ara_id2): #CHANGED HERE @@@@@@@@@@@@@ 
                print bincode+'\t'+name+'\t'+"'"+dict[ara_id2]+"'"+'\t'+description +'\t'+code_type
            else: 
                print bincode+'\t'+name+'\t'+ "''" +'\t'+ "''"
于 2013-11-07T08:33:01.737 回答