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我正在尝试在 MacOS X 10.6.8 Snow Leopard 上安装名为 OrthoMCL 的程序。为了它的工作，它需要 Perl 的 DBI 模块。在我的机器上，我有两个 perl 安装 - 在 /usr/bin/perl 上预构建 5.10.0 版本（称为 Perl1）和我实际使用的 5.12.3 MacPorts 安装（称为 Perl2）。

问题是 OrthoMCL 正在尝试使用 /usr/bin/perl。如果我尝试从 CPAN for Perl1 安装 CPAN DBI 和 DBD::mysql 模块，则会出现以下错误：

lipo: can't open input file: /var/tmp//ccOBwzHU.out (No such file or directory)
make: *** [Perl.o] Error 2

外部编译

/usr/bin/perl Makefile.PL
make

结果相同的错误。

我可以在 Perl2 上安装 DBI 和 DBD::mysql，但 OrthoMCL 不能使用它。

将 Perl2 模块路径添加到 PERL5LIB 变量在尝试使用 Perl1 时会出错：

Perl lib version (5.12.4) doesn't match executable version (v5.10.0) at /opt/local/lib/perl5/5.12.4/darwin-thread-multi-2level/Config.pm line 50.

所以我有两个问题：

  1. 有没有办法为 Perl1 安装 DBI 和 DBD::mysql 模块。
  2. 有人知道如何强制 OrthoMCL 与 Perl2 一起工作吗？

谢谢！

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2 回答 2

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试试sudo /usr/bin/perl Makefile.PL && make。

关于 perl 版本，您也需要为您的第二个 perl 版本安装模块才能使其正常工作。我根本不知道OrthoMCL，但我会查阅它的文档，了解它如何与 perl 一起工作。

于 2013-11-06T10:42:15.757 回答
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在 Mac OS X 上，我强烈建议永远不要使用系统 perl，而是使用App::Perlbrew在你的主目录中安装和使用 perl。

几年多来，OS X 的 perl 以各种方式遭到破坏，除非您是专家，否则几乎不可能修复。这是一个你不想下去的老鼠洞。

Perl 应用程序不应该在它们的第一行（“shebang”）对 /usr/bin/perl 进行硬编码：这是一个错误。将其替换为/usr/bin/env perl，它将运行您使用 perlbrew 选择的任何 perl。

于 2013-11-07T15:46:34.037 回答