python - 通过 rpy2 将列表从 python 传递到 R

Question

我正在尝试通过rpy2从 python中对R包 ( ) 进行简单调用。这就是我想要实现的目标：ks

import rpy2.robjects as robjects

# Define two matrices.
matrix1 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]]
matrix2 = [[1,1,1,1], [3,3,3,3]]

# Call 'ks' function to obtain p_value.
p_val = robjects.r('''
library(ks)
kde.test(x1=matrix1, x2=matrix2)$pvalue''')

print p_val

我尝试遵循rpy2 的文档，但它非常稀缺。任何帮助，将不胜感激。

Answer 1

根据lgautier给出的答案发布我自己的答案，因为那个答案没有按原样工作。我还通过传递nrow而不是固定它来使它更通用。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
ks = importr('ks')

kde_test = ks.kde_test

matr1 = [1., 3., 1., 3., 0.2, 1.5, 0.5, 1.3]
matr2 = [1., 3., 1., 3., 0.2, 1.5, 0.5, 1.3, 0.5, 4.6]  

m1 = robjects.r.matrix(robjects.FloatVector(matr1), nrow=int(len(matr1)/2), byrow=True)
m2 = robjects.r.matrix(robjects.FloatVector(matr2), nrow=int(len(matr2)/2), byrow=True)

res = kde_test(x1 = m1, x2 = m2)

pval = res.rx2('pvalue')

print float(str(pval)[4:])

所有的功劳都归功于 lgautier 提出的解决方案，即使它一开始没有奏效。

Answer 2

要获取包中的函数：

from rpy2.robjects.packages import importr
ks = importr('ks')

kde_test = ks.kde_test

构建矩阵：

import rpy2.robjects
Matrix = rpy2.robjects.r.matrix
from rpy2.robjects.vectors import IntVector
matrix1 = Matrix( IntVector([1,1,1,1, 3,3,3,3]), nrow=2)
matrix2 = Matrix( IntVector([1,1,1,1, 3,3,3,3]), nrow=2)

调用函数：

res = kde_test(x1 = matrix1, x2 = matrix2)

要提取列表中的命名元素：

pval = res.rx2('pvalue')