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我在打印 python 中肌肉对齐的输出时遇到问题。我的代码是：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
from StringIO import StringIO
from Bio import AlignIO

def align_v1 (Fasta): 
    muscle_cline = MuscleCommandline(input="hiv_protease_sequences_w_wt.fasta")
    stdout, stderr = muscle_cline()
    MultipleSeqAlignment = AlignIO.read(StringIO(stdout), "fasta") 
    print MultipleSeqAlignment

有什么帮助吗？

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1 回答 1

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很高兴知道您收到了什么错误，但以下内容应该可以解决您的问题：

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
from StringIO import StringIO
from Bio import AlignIO

muscle_exe = r"C:\muscle3.8.31_i86win32.exe" #specify the location of your muscle exe file

input_sequences = "hiv_protease_sequences_w_wt.fasta"
output_alignment = "output_alignment.fasta"

def align_v1 (Fasta): 
    muscle_cline = MuscleCommandline(muscle_exe, input=Fasta, out=output_alignment)
    stdout, stderr = muscle_cline()
    MultipleSeqAlignment = AlignIO.read(output_alignment, "fasta") 
    print MultipleSeqAlignment

align_v1(input_sequences)

就我而言，我收到了 ValueError：

>>> AlignIO.read(StringIO(stdout), "fasta") 
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\WinPython-64bit-3.3.2.3\python-3.3.2.amd64\lib\site-packages\Bio\AlignIO\__init__.py", line 427, in read
    raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

这可以通过保存输出并使用 AlignIO.read 重新打开来避免。

我还收到了一个 FileNotFoundError，可以通过指定肌肉 exe 文件的位置来避免该错误。例如：

muscle_exe = r"C:\muscle3.8.31_i86win32.exe"

帮助（MuscleCommandline）中显示了这方面的说明，但这目前不在 Biopython 教程页面中。

最后，我假设您想使用不同的输入序列运行​​命令，所以我将函数修改为“function_name(input_file)”格式。</p>

我使用了python 3.3。希望上面的代码适用于您原始帖子中的 python 2.x。对于 python 3.x，将“from StringIO import StringIO”更改为“from io import StringIO”，当然“print MultipleSeqAlignment”更改为“print(MultipleSeqAlignment)”。

于 2013-11-08T18:00:43.057 回答