perl - 如何使用 perl 镜像基因序列

Question

所以我的问题是如何在 perl 中镜像基因序列？基本上我有一段看起来像这样的代码：

 m/(([ACGT]{4})\2)/

这匹配连续四个字母中的任何一个 4 次 *2 ......所以例如：CGAG CGAG（没有空格）。如何让这段代码打印出 CGAG，然后打印出 GAGC 而不是 CGAG（第二个的镜像？任何帮助将不胜感激。

Answer 1

pff，真正的正则表达式方式是：

m/(([ACGT]{4})\s*(??{ my $b = reverse $2; $b }))/

perl -E 'warn "CGAG GAGC" =~ m/(([ACGT]{4})\s*(??{ my $b = reverse $2; $b }))/'
CGAG GAGCCGAG at -e line 1.

但它是一个实验性功能......

你可以做某事

my $str = "CGAGGAGC";
index($str, $1 . reverse($1)) != -1 && print "$1" . reverse($1) . " at " . (pos($str) - 4) while $str =~ m/([ACGT]{4})/g;

Answer 2

使用reverse& split：

$ perl -le 'print reverse split //, "GAGC"'
CGAG

Answer 3

如果我没记错的话，你想找到一个回文序列。.

在你的情况下，你可以做这样的事情。

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use 5.014;

my $dna = "TGCACGAGGAGCTTAC";

my ($match) = $dna =~ m/(([ACGT])([ACGT])([ACGT])([ACGT])\5\4\3\2)/;

say $match
#CGAGGAGC