linux - 降级 R 版本和 R 包 Bioconductor

Question

大家好，我目前正在使用 Bioconductor v2.13 在 debian 服务器上运行 R 3.0.2。我的问题很简单，尽管通过互联网搜索并没有为我提供明确的答案：

如何从 R 3.0.2 降级。到 R 2-15？

考虑到我保留 R 3.0.2，我如何将 Bioconductor 降级到 v2.12？

先感谢您，

Answer 1

通常，Bioconductor 旨在与特定版本的 R 一起使用，因此无法保证将旧版本的 Bioconductor（或任何 R 包）与新版本的 R 一起使用。最好在 Bioconductor邮件列表中询问有关 Bioconductor 包的问题。可能您要说的是您当前的 Bioconductor 安装存在一些问题，而您真正最好的做法是解决问题。

查看 的 LibPath installed.packages()，并与 的输出进行比较.libPaths()。我有

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1)
                                                   affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
> .libPaths()
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0"
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library"  

好消息！我所有的 Bioc 包都在一个特定的库中。然后我可以安排（参见?.libPaths参考资料）以 .libPaths 指向 Bioc 2.12 包的新位置来启动 R，例如，

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R

然后显式安装BiocInstaller我要使用的包的版本，例如，

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc")

和library(BiocInstaller); biocLite()往常一样。

如果我的 Bioconductor 软件包安装在 R 主目录中，那么我remove.packages()不会设置.libPaths()，或者我会运行BiocInstaller::biocValid()并按照恢复“太新”软件包的说明进行操作。