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我正在尝试分析 RNA-seq 实验产生的数据。我正在尝试使用 TopHat 将 RNA-Seq 读数与基因组对齐。但是，我在安装 TopHat 时被吓到了！

首先，我下载了以下软件包：

  • tophat-2.1.0.tar.gz
  • samtools-0.1.19.tar.bz2
  • boost_1_54_0.zip

我已经打开了所有的包裹。

对于 samtools： 我已将所有 C 头文件复制到 samtools-0.1.19/install/include/bam 然后我将 libbam.a 文件复制到 samtools-0.1.19/install/lib

对于提升： 我使用了以下命令

$./bootstrap.sh
$./b2 install --prefix=PREFIX

对于 TopHat： 我使用了命令行：

$./configure \
  --prefix=/path/to/tophat-2.1.0 \
  --with-boost=/path/to/boost_1_54_0/PREFIX \
  --with-bam=/path/to/samtools-0.1.19/install

但我收到一条错误消息。错误的最后几行如下：

checking for boostlib >= 1.38.0... yes
checking for bamlib... yes
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking whether the Boost::Thread library is available... yes
checking for exit in -lboost_thread... no
checking for exit in -lboost_thread... (cached) no
checking for exit in -lboost_thread... (cached) no
checking for exit in -llibboost_thread.a... no
configure: error: Could not link against libboost_thread.a !

现在我的问题是为什么我会收到错误消息以及可以做些什么来克服这个问题。我在两个 x86_64 Ubuntu 系统中都尝试过相同的方法，但总是遇到相同的错误！

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