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我有一个问题，请你帮帮我吗？我有 .txt 文件，我使用 awk 代码使用制表符分隔功能分隔列。我收到对齐列，但如果缺少某些信息，则整行向左转，信息将转移到另一列。请问你能帮帮我吗？我怎么能合并到这个代码中？太感谢了..

#!/bin/bash

for f 
in *.vcf; 
do awk 'BEGIN {OFS = "\t"}
        /^##/ {next}
        /^#/ {sub(/^#/,"",$1)}
        {$1=$1; print}
    ' "$f" > "${f/%vcf/tsv}"
done


> INPUT:
> 
> CHROM    ID    REF   ALT 
  chr1    235     A     B 
  chr2     A      B
  chr3    225     B

输出： 

  CHROM    ID   REF   ALT  
  chr1    235    A     B 
  chr2     .     A     B 
  chr3    225    .     B
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1 回答 1

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问题包含歧义。看数据：

chr1    235     A     B 
chr2     A      B
chr3    225     B

也许在该chr2行中，我们可以猜测ID缺少该列，因为IDs 是数字。我们缺少一列，它是数字列，所以它必须是ID。

但是在第三行中，我们如何知道REF缺少该列，而不是ALT？

如果ALT永远不会丢失，那很简单。但是，如果其中任何一个都可能丢失，那可能是不可能的。

在任何情况下，在您编写程序代码将数据重新规范化为适当的列之前，您必须能够清楚地阐明识别哪些列丢失的规则，或者认识到这是不可能的并放弃。

您可能只需要上游并找到一个更好的相同数据来源，它没有经过修改的列。

于 2013-10-24T07:07:30.940 回答