3

我想在 c++x11 代码中使用 RInside 来调用 R 例程。默认情况下,R 似乎安装了库的 c++98 版本,因此链接不成功。我想知道我应该执行哪些不同的步骤来安装 RInside 的 c++x11 版本(但我想我需要重新编译所有 R/R 包,是吗?)以及是否存在一些更简单的解决方案。在此先感谢(我在 MacO 上工作)

更新:我重新安装了 Rcpp 和 RInside (我的 Makevars 是空的,所以 c++98 版本)

 sudo R CMD INSTALL ~/Downloads/Rcpp_0.10.4.tar.gz 
 sudo R CMD INSTALL ~/Downloads/RInside_0.2.10.tar.gz

然后我使用 (no cx11) 编译 hello world 示例:

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp

这产生了我:

  Hello, world!

但是,通过添加 x11 选项:

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o -stdlib=libc++ -std=c++11

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp -stdlib=libc++ -std=c++11

我得到(链接时):

  Undefined symbols for architecture x86_64:
   "RInside::parseEvalQ(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&)", referenced from:
  _main in testOut.cc.o
   "RInside::operator[](std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&)", referenced from:
  _main in testOut.cc.o
   "Rcpp::Environment::assign(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&, SEXPREC*) const", referenced from:
        bool Rcpp::Environment::assign<char [15]>(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&, char const (&) [15]) const in testOut.cc.o

使用 c++x11 选项重新编译 Rcpp 和 RInside 时

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o -stdlib=libc++ -std=c++11

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp -stdlib=libc++ -std=c++11

喜欢是可以的,但 ./test 给了我一个段错误。

添加:我的clang版本是:Apple clang 4.1版(tags/Apple/clang-421.11.66)

4

2 回答 2

3

R 是用 ac 编译器编译的。您不一定需要使用它来构建包。所以使用 clang 编译附加包是完全有效的。我的~/.R/Makevars文件中有这个可以使用 clang 和 C++11 进行打包:

CC=clang
CXX=clang++
CXXFLAGS= -stdlib=libc++ -std=c++11

此外,您可能想看看Rcpp11,这是一个以 C++11 为中心的 Rcpp 重新设计。分叉 RInside 以使用 Rcpp11 代替 Rcpp 可能不会太难。

于 2013-10-16T13:01:44.880 回答
0

我不知道不同的链接器要求。你所拥有的应该只是工作。否则,请显示您的实际链接步骤和错误,最好以可重现的方式显示,我也可以查看我的结果。

见证以下。我们首先使用默认标志构建:

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ grep ^CXXFLAGS ~/.R/Makevars
CXXFLAGS=             -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic    # plain C++ 
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ make rinside_sample0
ccache g++-4.7 -I/usr/share/R/include \
  -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include \
  -I/usr/local/lib/R/site-library/RInside/include -g -O3 -Wall \
  -pipe -Wno-unused -pedantic -Wall   \
  rinside_sample0.cpp  -L/usr/lib/R/lib -lR  -lblas \
  -llapack -L/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib -lRcpp \
  -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib \
  -L/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
  -lRInside -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
  -o rinside_sample0
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ ./rinside_sample0 
Hello, world!       
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ 

现在我只是添加-std=c++11到我的CXXFLAGS

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ grep ^CXXFLAGS ~/.R/Makevars 
CXXFLAGS=             -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -std=c++11
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$  

并重新制作二进制文件:

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ rm rinside_sample0  
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ make rinside_sample0
ccache g++-4.7 -I/usr/share/R/include \
 -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include \
 -I/usr/local/lib/R/site-library/RInside/include \
 -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused \
 -pedantic -std=c++11 -Wall  \
  rinside_sample0.cpp  -L/usr/lib/R/lib -lR \
 -lblas -llapack -L/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib -lRcpp \
 -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib \
 -L/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
 -lRInside -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
 -o rinside_sample0 
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ ./rinside_sample0    
Hello, world!        
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$  

要部署 C++11,您不需要新的编译器或项目。

只需在编译器标志中添加一个选项——就这么简单。

为了让它更清楚,我们还可以添加这三行rinside_sample0.cpp使其成为 C++11 程序:

auto magic = 42;                    // C++11 
R["magic"] = magic;                    
R.parseEvalQ("print(magic)");     

并且(带有 required-std=c++11标志)它也可以构建和运行。 严格来说,在 Rcpp 或 RInside 端无需更改即可使用支持 C++11 的编译器部署它们。

于 2013-10-16T13:42:03.503 回答