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从几个人类单核苷酸多态性 (SNP) 开始，我如何查询所有已知 SNPS 的数据库，以便我可以生成 1000 个左右最接近的 SNPS 的列表（data.table 或 csv 文件），天气与否 SNP 是一个 tagSNP，次要等位基因频率 (MAF) 是多少，它距离起始 SNPS 有多少个碱基？

我更愿意在 R 中执行此操作（尽管不必如此）。我应该使用哪个数据库？我唯一的出发点是列出起始的 snps（例如 rs3091244 、 rs6311 等）。

我确信有一个不错的简单 Bioconductor 包可以作为我的起点。但是什么？你做过吗？我想它可以用大约 3 到 5 行代码来完成。

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同样，这是题外话，但您实际上可以通过 BROAD 的这个基于 Web 的工具来完成您提到的所有事情：

http://www.broadinstitute.org/mpg/snap/ldsearch.php

您只需输入一个 snp，它就会为您提供 snps 的周围窗口，您也可以导出为 csv。

祝你的遗传学项目好运！

于 2013-10-09T15:00:46.790 回答