我正在一个禁止通过互联网进行通信的站点上工作。是否可以使用 R CMD INSTALL 安装 Bioconductor ？Bioconductor 网站上没有记录这种类型的安装，我也没有找到关于这个主题的任何信息。
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Kasper Daniel Hansen 在 BioC 邮件列表中给出了另一个答案（另见最终代码）。这个想法是BiocInstaller在可以访问 Internet 的机器上安装以将软件包下载到磁盘上，然后以正确的顺序将它们安装在没有 Internet 访问权限的机器上。
于 2013-10-09T10:49:36.490 回答
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最简单的方法是将软件包安装在相同类型的机器上（相同的 R 版本、架构（32/64 位）、操作系统），然后将库复制到另一台机器上。查看R 的附加文档以了解您的库的存储位置。
于 2013-10-09T10:42:12.920 回答
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我通过电子邮件向 Bioconductor 的人们发送了关于在没有 Internet 的情况下安装 RBGL 软件包的问题，并得到了快速而有用的回复。所以我想我会分享：
使用此处描述的技术的修改版本： 列出 R 包依赖项而不安装包
您可以最终获得运行 RBGL 和图形（递归依赖项）所需的所有包的列表。结果是 RGBL 和图形本身加上一个额外的包 BiocGenerics。
您可以从他们的包登陆页面下载这些包，例如 BiocGenerics：
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html
这假设您正在运行 R 3.0.x 并将使用 Bioconductor 2.13。如果您使用不同版本的 Bioconductor，请更改上面 URL 中的“发布”以匹配其版本号。
在此页面的“包下载”部分，安装相应版本的包。对图形和 RBGL 执行此操作，然后将三个文件复制到目标机器并在那里运行（按此顺序） R CMD INSTALL BiocGenerics_* R CMD INSTALL graph_* R CMD INSTALL RBGL_*
那么你应该被设置。
要考虑的另一件事是在您机构的防火墙内托管 Bioconductor 镜像（您还需要托管 CRAN 镜像）。不过，仅安装几个软件包就需要做很多工作。
其中一些是特定于 RBGL 包的，但这里有足够的信息，这对于任何试图安装 Bioconductor 包的人来说都是有用的。
于 2013-12-05T23:34:05.807 回答
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您可以在您的机构制作 Bioconductor 镜子：
于 2013-10-09T23:52:45.960 回答