regex - AWK 只打印数组中字段的编号。R

Question

我正在打印这样的列表（信息 [i]）：

DP=366
DP=181
DP=254
DP=463

而且我想摆脱 DP= 并最终只用数字来处理 R 中的数据。

使用 awk 中的此脚本，我获得了上一个列表：

substr($1,1,1) != "#"{
split ($8, info, ";");
num = asort(info);   
for ( i=1; i<=num; i++) {
    if (info[i] ~ "DP") {
        print info[i]
        }
    }
}

我想正则表达式会有所帮助，但不知道在 awk 中使用。提前致谢！

Answer 1

试试这个：（刚刚修改了你的原始代码）：

substr($1,1,1) != "#"{
split ($8, info, ";");
num = asort(info);   
for ( i=1; i<=num; i++) {
    if (info[i] ~ "DP") {
        sub(/DP=/,"",info[i])
        print info[i]
        }
    }
}

Answer 2

如果输入中有更多列，则可以说：

awk '{sub("[^0-9]*", "", $1)}1' inputfile

Answer 3

在 R 中，可以只使用：

 sub("^.+\\=", "", info)

不需要循环。使用 awk 的唯一原因是文件太大而无法放入内存。

Answer 4

使用awk

awk -F= '{print $2}' file
366
181
254
463