r - 使用 R bioconductor 注释包获取给定基因名称的相关 GO:ID

Question

我正在尝试使用 Bioconductor 类中的 hgu95av2.db 和 GO.db 库。

我有一个基因名列表。

Genename1
Genename2
Genename3

这些是来自genedb的标准基因名称。

我现在想获取与它们关联的相关 go.ids。我想在将来使用这些信息来对数据进行分类。

我试图通过 annotationapi 帮助文件，他们说获取 id 的一种方法是使用这个 api，如下所示：

select(hgu95av2.db, keys=keys, cols=c("GO"),
  keytype="GENENAME")

我不确定如何设置密钥。我是否只是使用键列表设置了一个列对象。

当我尝试执行并运行上面的命令时，出现以下错误：

.testIfKeysAreOfProposedKeytype(x, keys, keytype) 中的错误：输入的所有键都不是指定键类型的有效键。

我玩过 keytype 并且总是得到同样的错误，这让我觉得我根本不了解如何使用这个数据库查询工具。

我已经在 bioconductor 中进行了搜索，他们只是假设我有 affy 矩阵格式的表达数据，其中我只有一个基因名列表。

感谢您的帮助和道歉，因为我是新手，对 R 生物导体接口不是很清楚。

非常感谢