r - 在 R 中绘制到 MDS 上的相同 bray-curtis 相似性线

Question

有谁知道如何在 R 中的 MDS 图上绘制相同相似性的线（由 Bray-Curtis 矩阵确定）。

我已设法将集群 ( hclust()) 覆盖到 MDS ( metaMDS()) 上以获取社区组成数据，但想在具有相同或更高相似性的站点周围绘制组成外壳。

Answer 1

如果您有一个 hclust-object，您可以使用它cutree()来提取差异大于特定值的组。

该分组变量可以通过ordihull()或绘制到 NMDS 图上ordispider()。

这是一个例子：

require(vegan)
data(dune)

# nmds
nmds <- metaMDS(dune)

# cluster
clus <- hclust(vegdist(dune))
plot(clus)
rect.hclust(clus, h = 0.6)

# extract groups with similarity > 0.6 between
group_clus <- cutree(clus, h=0.6)


# plot those 4 groups
plot(nmds, display = 'sites', type = 'text')
ordihull(nmds, groups=group_clus)