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我在 Python 中使用 networkx（OpenSuse 12.3 上的 2.7.3）来分析一些大图。在分解我的大网络（9800 个节点，6273292 个边）然后运行 ​​networkxconnected_components_subgraph(GRAPH)函数之后，Python 不再通过调用 shell os.system()（我还没有测试过其他 shell 通信技术subprocess）。

该函数本身运行顺利，我得到分解图，然后我可以毫无问题地操作。

请参阅下面的代码示例

# this function is just included for completeness, but runs fine
# -------------------------------------------------------------------------
import networkx as nx
import os
def build_network(filename):    
    with open(filename) as f:
        content = f.readlines()

    GRAPH=nx.Graph()

    for connection in content:
        GRAPH.add_edge(connection.split("\t")[0], connection.split("\t")[1][:-1])

    return GRAPH   
#--------------------------------------------------------------------------


## CODE FROM HERE
GRAPH = build_network("mtrx_large.abc") 
os.system("ls")            # runs fine

subgraphs = nx.connected_component_subgraphs(GRAPH)

os.system("ls")            # gives a -1 error - no os.system(<>) commands can run now

我完全被难住了，这引发了一个非常重要的障碍。此行为发生在标准 Python 解释器中ipython并通过标准 Python 解释器发生。在 ipython 中ls直接运行现在什么都不返回，但如果我使用cd它实际上可以自动完成目录。

更新

这种行为在我的 Ubuntu 机器 (12.04) 上无法重现，因此似乎特定于 OpenSuse 或（更有可能）我的工作站。我的 Ubuntu 机器只有 8GB 的​​ RAM，这意味着在加载图表并执行连接的子组件操作后，只有 700MB 是空闲的，这让我认为这可能不是 OpenSuse 机器上的（直接）内存问题。

更新 2

所以我实际上只是在我的 Ubuntu 机器上重现了它，这很奇怪，但现在我无法再次重现它，即使在遇到内存错误之后也是如此。如果有人想尝试，可以在这里找到矩阵文件（72MB）——我建议使用Save as... . 只需运行cd到其中包含此文件的目录并执行我在上面粘贴的代码。您需要networkx安装（显然）。

更新 3

重新启动我的 OpenSuse 系统并运行后，ssh我能够成功运行代码。仍然不确定问题可能是什么 - 也许与重新启动之前我有大约 1GB 已用交换空间的事实有关？

更新 4

结果表明交换问题似乎无关紧要（即使没有使用交换空间也可以重现错误）。这很烦人 - 目前只有重新启动有帮助。

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