r - 在 R 中运行 bash 文件：system() 问题中的路径

Question

我正在尝试从 R 内部运行一个 bash 文件。所以我有以下工作正常：

setwd(path.expand("~/Documents/Rcode/"))

system("ls -F")
system('~/Documents/Rcode/GFR_test/run.sh')

所以这工作得很好，因为我提供了 run.sh 文件的整个路径。但是，在处理长代码和许多要运行的 bash 文件时，这会变得乏味。所以我需要为每个 sh 文件创建一个变量：

myPATH <- "~/Documents/Rcode/GFR_test/"

然后调用 run.sh

 system(paste(myPATH, 'run.sh'))

不幸的是，这不起作用，因为我收到错误：

 sh: 1: ~/Documents/Rcode/GFR_test/ : Permission denied

权限问题很奇怪，因为我知道我做对了。你能帮忙吗？谢谢

Answer 1

使用paste时，默认分隔符是空格。所以 ：

paste(myPATH, 'run.sh')

会给：

~/Documents/Rcode/GFR_test/ run.sh

为了抑制额外的空间，你要么必须添加sep=""到你的paste()，或者更好的是，使用paste0 它有一个默认的空分隔符（并且更快一点）：

paste0(myPATH, 'run.sh')