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我想知道是否有人知道从 R 中 glmmadmb 的输出中提取色散参数估计值的方法。我使用的是负二项式模型，并且想将此代码用于几个不同的物种而不必去并为代码的其余部分手动提取此值。

这是我的输出示例：

  > summary(mod1)

       Call:
           glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
           family = "nbinom2", link = "log")

        AIC: 8131.7 

       Coefficients:
        Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
        (Intercept)     4.05       0.19    21.3   <2e-16 ***
          ---
         Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

       Number of observations: total=798, year=53, site=15 
       Random effect variance(s):
       Group=year
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.1925 0.4388
       Group=site
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.4748  0.689

       Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936)

       Log-likelihood: -4061.86

我还没有找到提取这个值的函数。

先感谢您！

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1 回答 1

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的帮助页面glmmadmb，除其他外说：

价值：

 An object of class ‘"glmmadmb"’ representing the model fit,
 including (among others) components:

   b: vector of fixed effects

   S: covariance matrix of random effects

alpha：尺度/过度离散参数（负二项式、Gamma、beta）

所以我认为mod1$alpha（或者mod1[["alpha"]]如果你想非常小心）应该得到你想要的。

如果文档不存在，您可以 (1) 查看glmmADMB:::print.summary.glmmadmb@DWin 建议的代码；(2) 查看names(mod1), 或str(mod1), 找到与您想要的部分相对应的模型对象部分。

可能应该有一个访问器方法，但我不知道 R 中有一个一致的约定来提取模型的色散类型参数......

于 2013-10-02T21:51:16.300 回答